Здравствуйте, ответьте пожалуйста, почему договоры в Ханты-Мансийском филиале заключаются и подписываются ИП Миловой Ольгой Александровной, а не директором филиала, имеют ли эти договоры юридическую силу.

Да. Такие договоры имеют юридическую силу.